水箱自洁消毒器由电源控制系统，臭氧发生器、气水混合器、循环水泵、进水管、出水管等部分组成。首先应将水箱下端的出水管与自洁消毒器的进水管连接，再将自洁消毒器的出水管与水箱进水口连接，以保证水箱的水循环均匀。当水位达到液位计设定的高水位时，电控柜开始启动电源和循环水泵，所产生的强氧化气体经管路对水质进行消毒处理，同时，循环水泵将经过消毒的水送回水箱，使停滞的水循环起来，如此循环下去，可对水体的消毒，保证了水的质量。本设备出厂前，已将时间设定好，用户无需再设定。
如何选择水箱消毒自洁器首先要看水箱自洁器的消毒原理，常见的水箱自洁消毒器有的用的化学方法，有的用的是紫外线，有的用的是臭氧消毒。相对而言臭氧消毒比化学方法更安全可靠，比紫外线消毒更高效，所以也是应用广泛的水箱消毒技术。臭氧消毒的原理是用臭氧分解生成氧和新生态氧，此种新生态氧作用于细菌和病毒等的细胞壁和细胞膜，反应在脂质(类脂化事合物)的双键。在进行这一作用时，细胞膜被破坏，而且酵素被破坏，从而达到灭菌的效果。
其次选择水箱自洁消毒器一定要找有实力的厂家，因为消毒器市场的水还是比较深的，不管是质量还是价格都有很多值得我们需要注意的地方，而一般正规的厂家都会有比较齐全的资质，这一点是值得我们警惕的，如果采购量大，有必要去厂区参观，因为水箱自洁消毒器的质量将直接影响到后期的消毒效果。
除了以上两点，水箱自洁消毒器的外观也很重要，一是要设计合理，能满足实际使用场所的需求，二是不能太占地方，在满足消毒杀菌效果的基础上，个头当然越小越好，当然如果外观设计的更精美一些，自然是能够更大程度上提高用户的体验。
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